波斯国王冈比西斯统治埃及以后，自称为法老，他建立了埃及历史上的第二十七个王朝，也称“波斯王朝”。虽然冈比西斯注意利用埃及的传统和宗教，但是他的统治*策仍然相当残酷。他占领底比斯后，又派*队远征努比亚和西瓦绿洲，埃及人民趁机发动反抗波斯的起义。被废黜的埃及法老普萨姆提克三世也加人了这次斗争，后来被俘自杀。
冈比西斯死后，埃及再次爆发反波斯侵略的斗争。波斯王大流士一世继位后，于公元前年又重新征服埃及。大流士对于埃及的宗教、文化传统及地方官吏比较宽容，还完成了尼科二世没有竣工的运河。但同时，他也残酷地剥削和奴役埃及人民。埃及每年要向波斯帝国缴纳塔兰特白银的贡赋和6亿公升的谷物。另外，波斯征服者在埃及大量侵占土地和财产，控制了埃及的经济和交通运输。埃及人民处境艰难，不断进行反抗波斯统治者的斗争。公元前年，波斯人在马拉松战役惨败。
公元前年，埃及三角洲地区爆发了反波斯的起义，但不久即被大流士之子薛西斯镇压。薛西斯的儿子阿塔薛西斯继位后，埃及、利比亚地区又相继爆发了以伊纳罗司和阿米尔塔伊俄斯为首的大规模的埃及人民起义。伊纳罗司与阿米尔塔伊俄斯两个人都是埃及的王公，他们凭借一支希腊舰队的支持沿尼罗河直达孟斐斯，打败了阿塔薛西斯的30万波斯大*。起义*围攻孟斐斯长达一年半之久，后因伊纳罗司被波斯人俘虏杀害才被迫撤退，阿米尔塔伊俄斯继续领导起义*与波斯*作战。最终，阿塔薛西斯被迫答应让一些埃及人担任埃及省区的总督和其他官职。
经过长期不懈的斗争，公元前年，埃及人终于摆脱了波斯人的统治，取得了民族独立。从公元前至前年，埃及人相继建立了第二十八、二十九和三十王朝。这些王朝的法老们依靠埃及的祭司集团和希腊的雇佣*进行统治，并继续与波斯作战。到第三十王朝法老涅克塔内布二世统治时，波斯阿塔薛西斯三世再次进攻埃及，大败法老的*队，再次统治了埃及，建立了埃及历史上的第三十一王朝。埃及人民不屈不挠，继续反抗波斯的侵略。
三角洲的卡巴沙曾经一度在孟斐斯称王，公元前年，马其顿王亚历山大率*入侵埃及，结束了波斯的统治，开启了希腊马其顿统治时代。后王朝时期的埃及*治长期极度衰弱，虽然也曾企图恢复对叙利亚和巴勒斯坦的统治，但始终力不从心，未能如愿。这一事件，通常被认为是古埃及历史结束的标志。